โรคออทิสติกสเปกตรัมอย่างน้อยส่วนหนึ่งอาจเกิดจากความแตกต่างในองค์ประกอบของจุลินทรีย์ในลำไส้ จุลินทรีย์บางชนิดพบได้บ่อยในคนออทิสติก การเชื่อมโยงนี้อาจใช้ได้ผลในทางกลับกัน ความหลากหลายในสายพันธุ์ที่พบในความกล้าของเด็กออทิสติกอาจเนื่องมาจากการจำกัดความต้องการอาหารที่เกี่ยวข้องกับออทิสติกมากกว่าสาเหตุจากอาการของพวกเขา

เนื่องจากการเรียงลำดับสายพันธุ์จุลินทรีย์ในลำไส้ในยุคต่อไปทำให้การวิเคราะห์ไมโครไบโอมเป็นแบบอัตโนมัติมากขึ้นและใช้เวลาน้อยลง การศึกษาจำนวนหนึ่งได้ตรวจสอบความเชื่อมโยงระหว่างจุลินทรีย์บางชนิดในลำไส้และสุขภาพจิต แกนลำไส้และสมองไม่เพียงเชื่อมโยงกับ ASD เท่านั้น แต่ยังรวมถึงความวิตกกังวล ซึมเศร้า และโรคจิตเภทด้วย ความเป็นไปได้ในการกำหนดเป้าหมายจุลินทรีย์เป็นพื้นที่ที่กำลังเติบโตของการวิจัยสำหรับการรักษาใหม่